A reiki megalapítója a Chiba szamuráj családból származó Mikao Usui sensei (1865-1926), aki a Gifu prefektura Yamagata járásának Taniai-mura (ma Miyama) falujában született. Családja a tendai ezoterikus buddhizmust gyakorolta. Így őt már 4 évesen tendai kolostorba küldték, ahol 12 éves korától harcművészetet is tanult, melyből 20 éves korára menkyo kaiden minősítést szerzett. Usui szertett tanulni, több nyelvet elsajátított, érdeklődött a mondák, a költészet iránt és sokat tanulmányozta a Kyoten-t(japán buddhista biblia). Továbbá a keleti gyógymódok mellett nyugati orvoslást, filozófiát, teológiát és pszichológiát tanult. Mindig is a nyugati kultúra felé való nyitás oldalán állt. Az 1900-as évek környékén kolera járvány pusztított Kyotoban, mely Usuit is megfertőzte. Ekkor halál közeli élményt élt át és látomásaiban megjelent Mahavairocana Buddha (Nagy Központi Buddha), akitől instrukciókat kapott. Ezután a megvilágosodás élmény után minden idejét a Buddha ezoterikus tanításainak felkutatására és alkalmazására szentelt és praktizálni kezdte a shingon buddhizmust, mely a Vajrayana tantrikus buddhizmus egyik ága. Családja úgy érezte, hogy ezzel Usui elárulta a szent hagyományokat és kiközösítették. Ezután Usui idejét a spirituális meditációknak szentelte és létrehozta a "Rei Jutsu Ka" nevű spirituális csoportot, melynek központja a Kyotoi császári palotától 12 km-re fekvő Kurama yama szent hegyen volt. A tantrikus gyakorláson keresztül Usui egyre jobban megismerte és megértette az ember belső energiarendszerét, valamint a test, lélek és szellem viszonyát és az embernek az Istenséggel való kapcsolatát. Elsajátította a buddhista vallási hagyományokban gyökerező spirituális önfejlesztő módszereket és meditációs technikákat (pl.: Ki Ko, ami a Csi Kung japán változata). Az 1910-es években Zen buddhizmust is tanult és gyakorolt.

Usui hitte, hogy vallási felekezet figyelembe vétele nélkül minden egyes állampolgárnak joga van ezeknek a spirituális önfejlesztő és gyógyító rendszereknek az elsajátítására és használatára. Meg akarta találni a módját annak, miként lehetne ezt a tudást a leggyorsabban tanítani, és átadhatóvá tenni mindenki számára. A keresés során egy tokyoi antikváriumban rábukkant egy ősi kéziratra. Ez egy több száz éves Shingon tantrikus szútra szövege volt. A szöveget röviddel azelőtt ásták ki egy kolostorban Hokkaido szigetén, melynek címe: "A Testet Meggyógyító és a Tudatot Megvilágosító Transzcendens Fény Villámának Ösvénye." Usui felvette a kapcsolatot különböző japán kolostorok könyvtáraival, hogy új részleteket találhasson. Az elmondás szerint a szöveget Kobo Daishi (Kukai), a Shingon Buddhizmus alapítója hozta Japánba Kínából a IX. Század elején. A tanításokat láthatólag csak néhány általa kiválasztott gyakorlóval osztotta meg.